新学期开始，美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的校园生活。而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时，在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。与此同时，渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。
突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”，不仅衣服改变了样子，而且力量居然也提升了！？为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样，渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。
光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗？