哈利·波特（丹尼尔·雷德克里夫 饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利·波特不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利·波特没有听从多比的劝告，回到了霍格沃兹。很快，霍格沃兹发生了一连串怪事：接二连三出现学生被石化，一直找不出原因。而哈利·波特总能听到一种奇怪的声音，从墙壁里传出来。
传说，霍格沃兹有一个密室，里面记录着伏地魔年轻时的秘密，只有斯莱特林的人才能打开密室。哈利·波特偶然发现自己能听懂蛇说话，一时传闻是他打开了密室。难道多比所指的危险就隐藏在密室？