《聪明的顺溜之雄鹰小子2》由两条主线交叉进行。一条主线是顺溜在演习中受了重伤，被调到军事夏令营，成为了五个孩子的教官。在夏令营中，顺溜与孩子们从开始的互相看不上、不搭理，到互相“斗法”，渐渐的顺溜在与孩子们的交往过程中发现了自己的错误，学会了换位思考、征询他人意见，孩子们也从顺溜身上看到了军人的品格，对部队有了新的认识，并且成为朋友，共同成长。
而另一条主线，保留了第一季的发展，尚誉、包打听、高超与选出的三个战士，五人一行进入神秘的魔鬼岛，与集团军陆军其他战队一起进行淘汰特训，从中选出五人战队与空军、海军战队比武，最终组成战区陆海空五人联合战队。
故事的最后，两条主线汇合。顺溜五人与军事夏令营的五个孩子，接到命令去完成一项特殊任务。科研部门开发出大型仿真军史国防VR训练系统，他们的任务是进入系统完成系统给予的任务。十人通过重温军史，顺溜五人领会到军人的使命是为中华民族复兴而战、五少年领悟到他们的目标是为中华崛起而学习。顺溜五人组成“雄鹰战队”继续参加战区选拔赛。