自2002年X档案的六年后,前联邦探员丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)调任某教会医院担任医师,福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)则过着隐居的生活,继续着对超自然现象的关注。某天,FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内,维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪,其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫(Billy Connolly 饰)声称看到了犯罪画面,因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入,穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……
本片为同名美剧的第二部剧场版。
工作失意,婚姻暗淡,人生正值低潮的摩根·苏利文(杰瑞米·诺森 Jeremy Northam 饰)无时无刻不在渴望一种全新、精彩的生活。偶然机会,他成为高科技数码公司Digicorp的雇员。在培训期间,他接受公司的洗脑并且有了全新的身份,从此他游走世界各地,不断窃取Digicorp的主要对手Sunways的商业机密。在某次执行任务时,他邂逅了带有神秘气质的女郎丽塔(刘裕玲 Lucy Liu 饰)。摩根从她口中得知发生在自己身上的一切,并以此为契机成为一名双料间谍,然而他的人生也开始朝着失控的方向疯狂驶去…… 本片荣获2003年布鲁塞尔奇幻电影节金鸦奖;2003年葡萄牙国际电影节最佳男主角奖(Jeremy Northam)、最佳特效奖和评审团特别奖。