在美国驻古巴关达那摩湾的海军基地,两名海军陆战队员道森和多尼被指控杀害了另一名士兵圣地亚哥。海军律师丹尼尔·卡菲(汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰)和助手山姆被派接手此桩案件,他们调查到圣地亚哥曾希望调离基地,还举报过道森。卡菲本想进行庭外协调,争取两年刑期。然而 两名士兵坚持自己无罪,他们对圣地亚哥的行为是执行上级给他们下达的“红色条规”。所谓红色条规,就是一种军官默许的由士兵私下进行的训诫条规。
卡菲、山姆以及另一名女律师盖洛维(黛米·摩尔 Demi Moore 饰)组成辩方律师进行调查,而基地指挥官杰塞普上校(杰克·尼科尔森 Jack Nicholson 饰)是本案的关键人物,他拒绝了圣地亚哥的调离申请,对他下达了“红色条规”,事后私自篡改了飞行记录。卡菲虽然知道真相,却苦于证据不足,这种情况下若是指证杰塞普上校还会给自己带来麻烦。这场关乎正义的诉讼案,会有一个怎样的结果?
影片改编自同名电视剧。《秘密特工》是1964年到1968年间的一部经典电视剧,共播出了105集,由老牌影星罗伯特·沃恩 、大卫·麦考姆联袂主演,是当年一部著名的双雄剧。故事内容是关于“执法联合指挥部”的两名特工对抗敌方组织T.H.R.U.S.H.(Technological Hierarchy for the Removal of Undesirables and the Subjugation of Humanity)的故事。这个间谍二人组比当时的007还要显眼,剧集中各种先进的枪支、间谍工具层出不穷,又兼美女云集,幽默味道十足。